A BGM guarda um acervo de cerca de 100 mil volumes de teses, livros, folhetos e periódicos publicados entre 1557 e 1960. Ao longo dos anos, as coleções foram enriquecidas não só por aquisições como, também, por doações da sociedade em geral, especialmente depois do incêndio que atingiu a Faculdade de Medicina em 1905, quando grande parte do acervo da Bibliotheca foi perdido.
O acervo é constituído por obras impressas no Brasil e no exterior, organizadas em dez coleções:
- Acervo Geral
- Estácio de Lima
- Memória Institucional
- Obras Raras & Especiais
- Periódicos Científicos Históricos
- Professores & Alunos
- Referência
- Teses Históricas da FMB
- Teses Estrangeiras
- Teses Nacionais
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