O Archivo Historico Anselmo Pires de Albuquerque (AHAPA) surgiu como setor estruturado no ano de 1916, pelo amanuense Anselmo Pires de Albuquerque, com a missão de identificar, organizar e preservar os documentos da FMB. O AHAPA guarda um acervo de 250 metros lineares de documentos, datados entre 1816 até os dias atuais, que remontam a trajetória da Faculdade de Medicina da Bahia. São documentos históricos e administrativos que relatam a participação dos médicos em fatos históricos, como: o Cangaço, a Guerra de Canudos, Guerra do Paraguai, Segunda Guerra Mundial, Ditadura Militar, atuação em campanhas de vacinação, trabalhos sociais de renomados médicos brasileiros que tiveram sua formação acadêmica na Bahia.
No arquivo é possível realizar consulta referente a temática de gênero, etnia, grupos humanos, estudos sociais, políticas públicas. O acervo é composto por documentos textuais, cartográficos e iconográficos. São matrículas, registros de diplomas, históricos escolares, planejamentos acadêmicos, cadernetas, atas das reuniões da Congregação, Departamental, Conselho Técnico Administrativo, portarias, departamento pessoal, ofícios, documentos contábil e legislativos. Além de um importantíssimo acervo histórico referente a personalidades médicas como Aristides Maltez, Elsimar Coutinho, Alfredo Brito, Jorge Augusto Novis, Edgard Santos. Documentos referentes a participação ativa dos médicos e alunos em movimentos históricos brasileiros como a Guerra de Canudos, a Guerra do Paraguai, Abolição da Escravatura, Ditadura Militar, movimentos artísticos, expedições científicas, entre outros.